近世にはこの元三大師が深大寺の信仰の中心となりました。内部には慈恵大師像が安置されています。元三の名は慈恵大師が亡くなったのが正月三日だったことからくるそうです。 像は慈恵大師の自刻像といわれています。河鍋暁斉の竜の天井画が残っています。

釈迦堂
昭和51年に白鳳仏を安置するため釈迦堂が新築されました。この仏像の伝来や何故深大寺にあるのかは不明だそうですが、明治42年に大師堂の下から見つかったそうです。

そば守観音
毎年10月に、そば守観音でそば祭りが行われます。 観音様に蕎麦を献上した後に、一般の人々にも蕎麦がふるまわれます。